Biologisch filteren
Stoffen die in het water opgelost zijn, worden niet tegengehouden door zeven. Het water zal nog steeds belast zijn met bijvoorbeeld kleurstoffen, urine van de vissen en een aantal chemische componenten. Alleen maar mechanisch filteren zal dus niet volstaan om het vijverwater volledig te zuiveren.
Biologisch filteren betekent reinigen met behulp van bacteriën. Dit houdt in dat levende bacteriën - bijvoorbeeld aanwezig op de Matala filtermatten en het ClinoptiPlus® filtermineraal - het water verder zuiveren. Deze bacteriën zetten afvalstoffen om tot bouwstoffen die door de vijverplanten opgenomen worden.
De verontreiniging afkomstig van uitwerpselen van vissen, resten van voeder, dode organismen etc. bevatten onder andere fosfaatverbindingen en ammonium. Het giftige ammonium wordt door de werking van de bacteriën omgezet in minder giftig nitriet en vervolgens in het niet giftige nitraat. Als restproduct vormt nitraat, samen met fosfaat, een belangrijke molecule voor de groei van planten. Het gaat hier vooral om aërobe chemische reacties die veel zuurstof nodig hebben. Filters die zuurstof toevoegen aan het water zijn daarom altijd efficiënter dan andere. Deze zuurstof kan toegevoegd worden door de beweging van het water door de filter (bijv. zeefboog) of d.m.v. luchtuitstroomsteentjes die men in de kamers van de filter plaatst en verbindt met een degelijke luchtpomp.