Filtration biologique
Les plus petites particules de saleté passent évidemment à travers les ouvertures plus fines du tamis. La filtration mécanique à elle seule ne suffit pas à débarrasser l'eau de toutes les impuretés : elle n'élimine pas les colorants, l'urine des poissons ni certaines substances chimiques indésirables. La filtration biologique consiste à nettoyer l'eau à l'aide de bactéries. Des bactéries vivantes - présentes par exemple sur les tapis filtrants Matala et le minéral filtrant ClinoptiPlus® - poursuivent la purification de l'eau. Les bactéries transforment les déchets en molécules assimilables par les plantes.
Les saletés qui proviennent des excréments de poissons, des restes de nourriture, des organismes morts, etc. contiennent notamment des liaisons de phosphate et de l’ammonium. L’ammonium, très toxique, est transformé par les bactéries en nitrites, moins toxiques, convertis à leur tour en nitrates, non toxiques pour les poissons. Le nitrate, produit final de la transformation des matières organiques, constitue, avec le phosphate, une molécule essentielle à la croissance des plantes. Il s’agit ici surtout de réactions chimiques aérobies, qui nécessitent beaucoup d’oxygène. Les filtres qui ajoutent de l’oxygène à l’eau sont donc toujours plus efficaces que les autres. Cet apport d'oxygène peut être assuré par le mouvement de l'eau à travers le filtre (par ex. un tamis courbé) ou des diffuseurs d'air placés dans les chambres du filtre et reliés à une bonne pompe à air.