Gravitaire ou mode pompage
La plupart des filtres multi-chambres peuvent être installés soit en dessous du niveau de l'eau (mode gravitaire, mais ce système nécessite évidemment aussi une pompe), soit au-dessus du niveau de l'eau (mode pompage). Les filtres positionnés en mode gravitaire sont plus faciles à dissimuler (par exemple sous la terrasse) et la décantation dans les cyclones y est plus efficace. En général, on préfère positionner le filtre au-dessus du niveau de l'eau pour plusieurs raisons : la température y est plus élevée, ce qui favorise la croissance des bactéries, l'installation et l’entretien sont plus faciles, les coûts de l’aménagement sont plus bas, et on peut agrandir sans difficulté le système plus tard.
Une filtration complète s'effectue toujours en plusieurs étapes. Les systèmes de filtration les plus efficaces sont ceux qui combinent les avantages de la filtration mécanique et biologique à l'action des plantes, qui absorbent les substances minérales.